fml8 の設定をバックアップする: 特定のディレクトリ以外、全部

対象を絞るより、 以下のディレクトリを除いて全てをバックアップするのが楽でおすすめです。

spool	記事
tmp	中間ファイル
var	各種のデータ

rsync でバックアップする場合なら、 --exclude オプションなどで、これらのターゲットだけを抜くと楽ができます。